日本列岛卫星图
日本是位于欧亚大陆以东，太平洋西部，由3个弧状群岛（日本列岛、琉球群岛、伊豆-小笠原群岛）组成。其中北海道、九州、本州及四国四大岛的面积就占了国土面积的99.37%。日本通常被归划于东亚或东北亚的范畴，北与俄罗斯、西与朝鲜、韩国、中华人民共和国、西南与台湾、南与菲律宾隔海相望。日本由6,852个岛屿组成，面积约37.8万平方公里。国土面积75%属山地丘陵地带，因此森林覆盖率高，但却不适合农耕，耕地面积仅占日本国土的11.1％。也因此日本的人口多集中在沿海地区，日本的人口密度在世界排名第37位。日本国土狭长，南北总长3,800公里，与澳大利亚、马达加斯加、美国相近。
日本列岛按照地质构造可分为东日本与西日本两大区域，其界线为位于本州中部，新潟县糸鱼川市与静冈县静冈市之间的糸鱼川静冈构造线。日本列岛附近是欧亚板块、菲律宾海板块、太平洋板块和北美洲板块的交界地[，同时日本列岛还处在环太平洋造山带、火山带、地震带之上，故日本为一个经常发生地震、但同时也拥有许多火山与温泉的国家。日本最高的山峰，海拔3,776米的富士山，本身就是一座活火山。据统计，世界全部里氏震级6.0以上的地震中，超过20%都发生在日本；而日本发生的地震，释放的地震能量就占全球地震释放能量的10%。
由于日本面积狭小多山，因此河流普遍长度不长但落差较大。日本的河流在梅雨和台风季节容易形成洪水，日本政府因而修筑了大量的堤坝和水库用于防洪，同时实行水力发电。日本最长的河川是发源于长野县，并在新潟县注入日本海的信浓川，总长367公里；而第二长的利根川也是日本流域面积最大的河川。日本最大的湖泊是位于滋贺县的琵琶湖，面积670.25平方公里。
