玄武湖初期的名称叫做“后湖”或“北湖”，取名后湖的原因是玄武湖的位置正好位于钟山之阴，对南京城的居民来说，山背的这座湖泊当然称为后湖；至于北湖名称的由来，则是因为玄武湖位六朝京城之北，取名北湖自然也有它的命名依据。 另外，“玄武”这两个字的实际意义指的是“北方之神”，“玄武湖”和“北湖”这两个名词其实也没有多大的差别。“玄武”是中国神话故事中的四神之一，它的具体形象是龟与蛇的复合体，玄武和青龙、白虎、朱雀共同代表著东南西北四个方位，其中玄武湖实际上就是北湖的意思。 传说刘宋元嘉二十五年（448年）湖中两次出现“黑龙”（很可能是现在的扬子鳄），因为“玄”也就是“黑”和“北”的意思。故名玄武湖！
