1、概念不同
连锁店是指众多小规模的、分散的、经营同类商品和服务的同一品牌的零售店,在总部的组织领导下，采取共同的经营方针、一致的营销行动，实行集中采购和分散销售的有机结合，通过规范化经营实现规模经济效益的联合。
分店是针对主店来说的，主店之外下设的同类店，在经济上有附属关系，在管理上有一定的隶属关系，在品牌和产品上有授权关系。

2、体系不同
分店的形式主要是主店的附庸。连锁店可分为直营连锁（由公司总部直接投资和经营管理）和特许加盟连锁（通过特许经营方式的组成的连锁体系）。后者是连锁经营的高级形式。 连锁店的形式可以包括批发、零售等行业，以至饮食及服务行业都可以连锁式策略经营。
3、经营特点不同
连锁店具有经营理念、企业识别系统及经营商标、商品和服务、经营管理四个方面的一致性，在此前提下形成专业管理及集中规划的经营组织网络。
利用协同效应的原理，使企业资金周转加快、议价能力加强、物流综合配套，从而取得规模效益，形成较强的市场竞争能力，促进企业的快速发展。未来零售业不论走向何方，都将迈向连锁经营。
