海马篇 （BOSS-海马濑人，青眼白龙牌组 海马公司） （001－002集）
决斗者王国篇 （BOSS-有千年眼的贝卡斯，卡通牌组 决斗之岛） （003—055集）
决斗城市 上 （BOSS-有假千年锡杖的希利德，陷阱牌组 战斗城市） （056—097集）
乃亚篇 （BOSS-海马乃亚，方舟牌组；海马刚三郎，大法师牌组 虚拟世界） （098—121集）
决斗城市 下 （BOSS-有千年锡杖的暗马利克，不死（太阳神的翼神龙）牌组 决斗艇、决斗塔） （122—142集）
多马篇 （BOSS-达姿，奥雷卡尔克斯牌组 美国） （143—184集）
KC篇 （BOSS-雷恩，童话牌组；奇古罗伊德，战斗女神牌组 海马乐园美国分布） （185—198集）
埃及篇 （BOSS-有千年智慧轮的暗獏良，死灵牌组 古埃及） （199—219集）
决战篇 （BOSS-有千年积木的暗武藤游戏（法老亚图姆），游戏牌组 冥界之门）（220－224集）
第二部的大致海马篇 （BOSS-海马濑人，青眼白龙牌组 海马公司） （001－002集）
决斗者王国篇 （BOSS-有千年眼的贝卡斯，卡通牌组 决斗之岛） （003—055集）
决斗城市 上 （BOSS-有假千年锡杖的希利德，陷阱牌组 战斗城市） （056—097集）
乃亚篇 （BOSS-海马乃亚，方舟牌组；海马刚三郎，大法师牌组 虚拟世界） （098—121集）
决斗城市 下 （BOSS-有千年锡杖的暗马利克，不死（太阳神的翼神龙）牌组 决斗艇、决斗塔） （122—142集）
多马篇 （BOSS-达姿，奥雷卡尔克斯牌组 美国） （143—184集）
KC篇 （BOSS-雷恩，童话牌组；奇古罗伊德，战斗女神牌组 海马乐园美国分布） （185—198集）
埃及篇 （BOSS-有千年智慧轮的暗獏良，死灵牌组 古埃及） （199—219集）
决战篇 （BOSS-有千年积木的暗武藤游戏（法老亚图姆），游戏牌组 冥界之门）（220－224集）
