柯南是怎么知道琴酒的代号

灰原哀告诉他的。

灰原哀在阿笠博士家和柯南摊牌时告知柯南给他灌下APTX4869的人代号是琴酒。

因姐姐宫野明美被***害，灰原哀停止药物研究以示抗议，最终被关押。后来吞下偷藏的APTX4869自尽，却幸运地缩小，得以从房间的垃圾口逃出。因体力不支晕倒在工藤家门前，被阿笠博士收留，化名为灰原哀，成为少年侦探团的一员。

在阿笠博士家戏耍了柯南一番后，告知其自身状况，透露了部分组织信息。