先说一下最终幻想7的大故事背景，若干年前杰诺瓦来到了地球，它的目的就是吸取星球能量，但这也会导致星球的灭亡，地球上的古代种即赛特拉族与星球自身制造出来的圣兽（星球会因为受到伤害而制造守护者，你要是玩了最终幻想7国际板就了解了）一起挫败了杰诺瓦的计划并将之封印在地层深处，之所以封印是因为杰诺瓦是不灭的，（宝条博士说过：“即使是被打得支离破碎，杰诺瓦（Jenova）身体的每一部分最后仍旧能重聚（Reunion）到一起。”）后来神罗公司开发魔晄也就是将星球能量转化为能源，在这一过程中无意发现了封印的杰诺瓦，于是开始了“杰诺瓦”计划，萨菲罗斯被自己父亲宝条博士植入了杰诺瓦细胞，在5年前受神罗派遣前去尼布尔海姆调查魔晄中毒事件，被克劳德的问题影响，从而对自己的身世产生怀疑，最终发现了自己身上的秘密（当然，这个时候的萨菲罗斯因为资料文献的错误，混淆了古代种和杰诺瓦两者的不同），由此性情大变，火烧尼布尔海姆，并***死了当时一起去调查的扎克斯，但是却被克劳德一刀致命。克劳德也身受重伤，为了“杰诺瓦”计划的继续，宝条给重伤的克劳德也植入了杰诺瓦细胞，于是5年后，一个被杰诺瓦细胞控制，有着扎克斯记忆的克劳德出现在了魔晄都市，由于杰诺瓦的作用，同为杰诺瓦“后代”的萨菲罗斯和克劳德才上演了FF7CC的故事。（看到这也许你就明白了，为什么在圣童降临中，他们称呼克劳德为哥哥，因为他们全是杰诺瓦的后代）
现在回答问题：
第一：萨菲罗斯确实死了，没有死的是杰诺瓦。萨菲罗斯其实成了杰诺瓦的代言人，因为他和杰诺瓦的初衷虽不相同，但结果都是毁灭地球，杰诺瓦只是借萨菲罗斯来实现自己的意图而已，虽然有点让作为萨菲罗斯粉丝的我很不舒服，但事实就是这样，5年后出现的萨菲罗斯其实也只是杰诺瓦制造的思念体而已。
第二个问题：萨菲罗斯已经死了，杰诺瓦没有死还是处于封印中，它找不到可利用的实体所以暂时冬眠了。这5年，克劳德被注入杰诺瓦细胞，一直在疗伤中。
第三：5年后再次出现是因为这时候一个有着杰诺瓦细胞的克劳德出现了，杰诺瓦意识到可以通过克劳德实现自己的目的，所以以萨菲罗斯的思念体形式出现（克劳德这时候其实已经被杰诺瓦控制，至少80%被控制了，他的记忆全是扎克斯的，杰诺瓦利用扎克斯和萨菲罗斯的恩怨促使克劳德一步步走进陷阱）
第四个问题：克劳德其实并不是在追赶，他是被杰诺瓦一步一步引入圈套，最终目的就是发动陨石魔法，毁灭地球。
第五：这是萨菲罗斯的尸体。
第六：如果你玩完FF7，最后一站结束后的情节可以帮你理清，击败了最终形态的萨菲罗斯（其实就是杰诺瓦）后，克劳德又一次被萨菲罗斯的意识召唤并进入其中，最终击溃了萨菲罗斯的意识。（这个其实是一场在克劳德内心的战斗而已，因为克劳德也有杰诺瓦细胞，他一直意识混乱，他最后用超究武神霸斩结束的，就是自己内心深处被杰诺瓦影响的余毒罢了。最终还原了克劳德本尊，彻底摆脱了杰诺瓦对自己的影响）
