海上丝绸之路的繁荣兴盛，与宋室南渡有着密切关系。南宋初立时，宋廷因边防形势危急，被动地加强了水军建设，建立了相对完善的海防体系。此后，宋人数次粉碎金人的进攻，依靠强大的海防力量在江南站稳了脚跟。随着时间的推移，宋廷与金廷之间的军事差距逐渐消失，双方势均力敌，形成了南北对峙的局面。
到了南宋中后期，蒙古人以不可遏制之势迅速崛起于漠北草原。与此同时，金朝在与南宋的多年竞争中实力不断衰退，更是陷于南北受敌的困境。但金朝不但没有想方设法抗击强敌蒙古，反而为了争夺战略生存空间，不断南下侵宋。于是，迫于无奈的宋廷选择了与蒙古联合。在蒙古与南宋的联手攻击下，金王朝于南宋端平元年（1234年）覆亡。
而就在灭金的次年，曾经的盟友露出了狰狞的本来面目，以金人故伎，兵分三路侵宋：一路直趋四川，一路进攻京湖地区，另一路进逼两淮地区。理宗端平三年十月，蒙古大军首次大规模进攻两淮地区。由于两淮地区靠近宋廷京畿，宋人于此素来布防严密。在宋军的严防死守下，这一路蒙古大军铩羽而归。
在宋蒙对峙前期，南宋保持着绝对的水上优势。此前，经过数十年的建设，南宋的江海防线已经日臻完善，形成了一个“两线”“三环”的江海防御体系。
所谓“两线”，即是指沿江、沿海两条防线。“三环”，即以临安所在的江浙核心地区为一环；以长江以北、淮东路沿海为前沿一环；以福建、两广地区为外环。最核心的江浙一环，为了加强临安城的防御，宋廷又将之细分为内外两环。内环即以两浙路两端的许浦水军、定海水军为外层防御，外环则是以两浙路中间的澉浦水军、金山水军、浙江水军为内层防御。如此层层布防，正是为了拱卫临安城。在东南沿海，宋廷更设有巡检寨六十五处，各地水军以这些水寨为依托，在水面巡逻、侦查，以防敌人偷袭。在一番苦心经营之下，宋廷的海防体系得到强化，水上实力亦有所增加。这套防御体系有效地维系了宋金南北对峙之局，即便是面对当时世界上最为强大的军事力量——大蒙古国，南宋政权仍然坚持了四十余年。
由于在短时间内无法突破宋廷的长江防线，蒙古人不得不放缓攻势，转而大力发展水军。
南宋咸淳二年（1266年），元世祖忽必烈下旨大量打造战船，学习水战。
同年，忽必烈麾下董文炳“造战舰五百艘，习水战”（《元史·卷六·世祖三》）。
咸淳六年（1270年），投靠蒙古的刘整向忽必烈建议成立一支强大的水军舰队，于是忽必烈下诏“教水军七万余人，造战舰五千艘”。在与南宋的对峙中，蒙古不断招降纳叛，壮大自己的水军力量。咸淳九年（1273年），襄阳沦陷后，京湖制置副使、知襄阳府吕文焕降元，原驻守襄阳的南宋水军和战舰全部成了元军的战利品。
南宋德祐元年（1275年），丁家洲之战中元军大获全胜，缴获南宋战船一千余艘。此后元军顺江而下，又占领了被陈亮称之为“一水横陈，连岗三面，做出争雄势”的镇江。镇江背山面江，地势险峻，是控扼长江的战略要津。为了挽回败局，南宋与元军在焦山展开了一场殊死海战。焦山海战中，元军获宋军海船八十余艘、“黄白鹞船七百余艘”。此消彼长之下，元军水师从无到有、由弱变强，海上力量逐渐超越了南宋。
经过几次海上争锋，元人侦知了南宋的海防虚实，他们汲取金人教训，有意避开了宋廷防守严密的沿海和长江下游防区，转而集中优势兵力，将主攻方向定在了长江中下游地区。从结果来看，元人避重就轻的战术完全奏效，此举不但令宋军疲于奔命，又进一步削弱了宋军的水上实力。
随着元人南侵的进一步加剧，宋廷水军缺额严重、装备不足、战舰年久失修、战略战术僵化死板等各种弊端逐渐暴露。
宋廷虽对各地海军编制有规定，但在实际执行过程中，往往名不符实。如镇江水军兵力定额为五千人，但真正有战斗力的却不过五百人；定海水军是宋廷水军精锐，宝祐年间的定额为六千人，但实际人数仅为五千人，缺额比例达到了六分之一。不仅如此，在五千人当中，老弱病残、滥竽充数者“又居十分之一”。崖山海战中，宋军兵力号称二十万，实际上文官、太监、宫女等非战斗人员占了半数以上。
另外，由于此前多年无战事，南宋水军管理混乱，将领或骄惰，或徇私，或贪渎，或冒领，吃空饷更是司空见惯之事。凡此种种，战斗力自然大打折扣。雪上加霜的是，宋廷装备短缺，器甲老旧腐朽，戈矛戟凋残不堪用，弓弩等物缺乏更新，水军装备严重老化，情势不容乐观。由于缺乏战船，朝廷又强征民用船只。这样做不但无助于提高舰船质量、增强战斗力，还额外增加了人民的负担，恶化了军民关系。有的人“典田卖产，货妻鬻子”，有的人走投无路干脆做了海盗。南宋初年，在宋廷的严厉打击下，沿海“盗贼屏息”。但到了后期，海盗死灰复燃，对地方安全构成了严重威胁。如此种种，南宋初期的水上优势，也就逐渐丧失殆尽了。宋蒙战争后期，南宋水军在战术方面的表现也很难让人满意。在丁家洲之战中，宋“淮西制置使夏贵以战舰二千五百艘横亘江中”，摆出一副被动挨打的阵势来，结果，元军“左右翼万户率骑兵夹江而进”，水陆协同作战，大败宋军。焦山之战中，张世杰采取的战术与夏贵如出一辙，宋军在镇江水域集结战船，每十艘为一舫，停在江中以阻止元军进攻。结果元军施以火攻，将宋人打得溃不成军。崖山海战，张世杰故伎重施，“以舟师碇海中，棋结巨舰千余艘，中舻外舳（船头朝里、船尾向外），贯以大索”，结果遭遇惨败，左丞相陆秀夫背着卫王赵昺赴海而死，南宋灭亡。
虽然南宋水军有种种不如人意之处，但不可否认，南宋海防体系的建立对保护国家安全，维护地方稳定，保护海上贸易起到了决定性作用。正是因为重视加强海防力量，南宋才能抵御北方金国的侵犯，稳定住政权。
但随着海防体系的崩溃，南宋政权也走上了覆亡之路，曾经繁荣的海上丝绸之路暂时中断。元人统治者统一中国后，继承了南宋王朝的对外开放政策，鼓励对外贸易，一度因战乱而阻塞、萧条的陆路、海上丝绸之路重现兴旺景象。明代以后，陆上丝绸之路由兴而衰，发生了重大变化，而海上丝绸之路则被高度重视。因此也就有了著名的“郑和下西洋”。而郑和为保留下西洋的船队，苦口婆心地劝说明仁宗：“欲国家富强，不可置海洋于不顾。财富取之海洋，危险亦来自海上……一旦他国之君夺得南洋，华夏危矣。我国船队战无不胜，可用之扩大经商，制服异域，使其不敢觊觎也。”
到了清朝，清政府统治前期实行了严格的闭关锁国政策。19世纪初，陆上丝绸之路上的大规模绢马贸易受国际形势影响和沙俄不平等条约的控制，被迫终止。海上的情况同样糟糕，随着西方资本向东方市场迅速扩张，罪恶的鸦片交易破坏了正常的海上贸易，丝绸之路自由、平等、文明的贸易精神不复存在。鸦片战争之后，中国完全丧失了自主的对外贸易，沿海贸易、通商口岸、关税、内河航运、领事权利、海关管理都控制在列强手中。可以说，弱国无外交，弱国也无外贸。
作者：我方特邀作者文定
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