民族特色村镇改厕项目的成本主要是在实施改厕过程投资总额，由于改厕项目是补助类的项目，其成本由国家投资部分和个人承提部分组成。因此，在绩效评价时要测算出个人出资部门有多少资金、国家投资部门有多少资金，这是绩效评价过程中需解决的关键点。
如果是农户自建设厕所，个人承担的资金部分难以合理计算出来，在绩绩效评价时，只要农户按照建设标准完成建设内容就可以了，国家出资部分属于政府的补助，因此建设成本就为国家投入的资金。如果是由国家统一为农户修建或改建，有的地方会向农户收取农户应当承担的部分，然而建设成本就为总的投资成本。
在绩效评价过程中，还要看总成本是否得到有效控制，其计算公式为：成本控制率=（实际投资成本-计划投资成本）/计划投资成本*指标分值。
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